克孜勒苏柯尔克孜自治州位于东经73°26′05″～78°59′02″，北纬37°41′28″～41°49′41″之间。东北部、北部地处天山山区，西南部处于昆仑山北坡，西北部、西部地处帕米尔高原崇山峻岭之中，东南部是塔里木盆地边缘古老的喀什噶尔绿洲。
克州北部和西部与吉尔吉斯斯坦、塔吉克斯坦两个国家接壤，有长达1 170多公里的边境线；东部与阿克苏地区的乌什、柯坪两县相连；南部与喀什地区的喀什市、巴楚、伽师、莎车、英吉沙、疏附县及塔什库尔干塔吉克自治县毗邻。全州东西长约500多公里，南北宽约140多公里，总面积约7．09万平方公里。
克孜勒苏柯尔克孜自治州辖阿图什、阿克陶、乌恰、阿合奇1市3县，有5个镇，2个街道办事处，32个乡(内含1个塔吉克族乡)，208个行政村。自治州首府设于阿图什市。
克孜勒苏柯尔克孜自治州是以柯尔克孜族为自治民族的多民族自治州。全州共有常住人口441804人，其中柯尔克孜族130027人，维吾尔族280817人，汉族25462人，塔吉克、回、乌孜别克、哈萨克、满族、蒙古、锡伯、塔塔尔等其他民族5498人。
克孜勒苏柯尔克孜自治州位于南疆西部，东邻阿克苏地区的乌什、柯坪。南接喀什地区的喀什市、巴楚、伽师、疏勒、疏附、英吉沙、莎车、塔什库尔干，西北与苏联的塔吉克，吉尔吉斯接壤。
克州土地总面积为7.09平方公里，平原占10%，山地占90%，山多平原少，人口密度4.5人/平方公里。全州有耕地61.61万亩，农村人均耕地1.84亩，低于全区平均水平，多为低产田。全州共有可开垦利用荒地资源170万亩，近期内可开垦荒地资源30万亩。
克州境内共有7条河流，拥有地表径流80亿立方米，人均2.53万立方米，高于全疆，全国水平。州内引用地表水15亿立方米。全州有地下水资源7亿立方米，已开采利用1亿立方米。
克州年总辐射130—140千卡/CM3，高于全国同纬度地区。全年日照时数2700-3000小时，日照百分率62-68%。适合各类作物及树木生长，山地半农牧区仅为2400-2500摄氏度，仅能满足牧草麦类作物及林木生长。平原年平均气温11.2-12.9摄氏度，气温日较差12-20摄氏度，利于干物质积累。阿图什平原年无霜期243天，为全疆最长，阿克陶平原210—230天，山区160—180天，北部高山区不足100天。年蒸发量2000-3000mm，年降水量60-120mm，气候干旱。
克孜勒苏柯尔克孜自治州成立于1954年，但年轻的自治州所辖地却有着古老而悠久的历史。
据考古发现，大约在距今3000年前的商周时期，境内出现了农耕文化。考古还发现，境内有细石器时期的遗址。这又一次证明，早在细石器时期已有人类在境内活动。
近年来在境内出土的人头骨化石初步鉴定为大约距今1．7万年前的人类化石，这又一次证明了大约最迟在1．7万多年前，境内即有人类活动。
克州地处祖国最西部边陲，在漫长的历史长河中，既有中央集权的统一统辖，又有封建地方势力的割据，加之民族的迁徙，部落的兼并，外来力量侵略，州境成为我国历史上群雄称霸、纵马逐鹿的疆场。由于历史风云多变，州境的沿革极其复杂，但自从公元前60年（汉神爵二年）新疆正式划入汉朝版图起，虽几经分合，州境始终是我们伟大祖国神圣领土的一部分，这一点从未改变过。
秦代州境尚未受任何政权和国家的统辖，只是分布着以从事农耕为主的住国即 城廓诸国 和以从事游牧、狩猎为主的行国。这些住国和行国其实是大小不等的一些部落和氏族组织，非国家机器。境内主要有疏勒国、桢中国、尉头国、捐毒国。
公元前60年(汉宣帝神爵二年)，统治西域的匈奴日逐王先贤掸率众归汉，州境正式划入汉朝版图。
北朝，在西域设西戎校尉府，疏勒、龟兹(尉头属龟兹)、乌孙(捐毒属乌孙)，皆受辖于该校尉。
隋朝统一全国后，西域实际在西突厥的控制之下。西突厥向隋称臣，境内各地即隶属于西突厥王庭。
唐将全国分十五道，西域属陇右道。陇右道下辖北庭、安西两都护府，境内各地又辖于安西都护府。都护府为边疆地区的最高行政机构，下辖都督府、州等。境内设疏勒都督府(治所在疏勒镇)、蔚头州(治所孤石山)、温肃州(治所大石城)、演渡州(治所去曷饭馆)。今阿合奇分属温肃州、蔚头州；阿图什、阿克陶、乌恰分属疏勒都督府、演渡州。境内各地分属葛逻禄、样磨、处月等部。
北宋、辽时期，境内大部分土地属黑汗(即喀拉汗)王朝，其中东北部少部分地区(今阿合奇)属西州回鹘，南部少部分地区(今阿克陶)属于阗。 公元1210年，喀拉汗王朝为屈出律所灭，州境始属西辽。 喀拉汗王朝对境内的统治，从10世纪到13世纪初，长达300多年，传位40个汗王(含东西两王朝)。尽管他们是我国历史上的一个割据政权，但他们始终认为是中国的一部分，在汗王的王号中加上“桃花石喀拉可汗”(“桃花石”意为中国；“喀拉”意为北方，即中国北方王国的汗)。在他们给宋神宗赵顼的奏折中称宋神宗为“东方日出处大世界田地主汉家阿舅大官家”，宋神宗即册封喀拉汗王朝的汗王为“归忠保顺石后鳞黑韩王”。由此可见，该王朝与中原王朝保持亲密的关系。 西辽对境内的统治只有8年，1218年，西辽为蒙古所灭，蒙古设断事官对境内实施统治。
1271年，蒙古汗国统一中国，改国号为元，州境即隶于元朝。公元1275年，元在阿里麻力设中书行省，州境即辖于该中书行省，由断事官辖治。1281年元改断事官为都护府，州境即属该都护府管辖。1346年，州境又属察合台后王封地。察合台后王为成吉思汗的次子察合台的后裔。
明代初年，辖于别失八里。明永乐十六年 (1418)明改别失八里为亦力把里地区。州境又为亦力把里首府大臣朵豁剌惕家族的世袭领地 ，称朵豁剌惕部。明嘉靖十二年(1533)，察合台后裔赛义德汗建立叶尔羌汗国，州境属其统治。
康熙十七年(1678)准噶尔蒙古部噶尔丹侵入天山南路，州境在准噶尔部的统治之下。清政府平定准噶尔叛乱之后，于乾隆二十四年（1759）设总理回疆事务参赞大臣，州境即在该大臣的管理之下。 乾隆二十七年（1762），清政府在伊犁设“总统伊犁等处将军”，州境又辖于伊犁将军。
光绪十年（1884）新疆建省，境内分别辖于新疆省喀什噶尔道的疏勒府、伽师县及阿克苏道乌什厅。
民国初年，境内分辖于喀什行政区伽师县、疏附县、英吉沙县、蒲犁县和阿克苏行政区乌什县。1913年至1944年，境内先后建乌恰县、阿图什县、阿合奇县。
1949年，新疆和平解放，境内阿合奇县辖于新疆省阿克苏专区，阿图什、乌恰等县辖于喀什专区。1954年7月，以柯尔克孜族为自治民族的克孜勒苏柯尔克孜自治州成立。至此，克孜勒苏才形成一个统一的地区级行政建置。
