四川米仓山自然保护区是由原鼓城山自然保护区更名而来的。1997年，为了保护旺苍县的自然生态环境，旺苍县人民政府决定把从未开发的鼓城山国营林场、旺苍县国营林场的国有林以及檬子乡、鼓城乡部分保存完好的集体林划为自然保护区。1999年2月，四川省人民政府以川府函（1999）2号“四川省人民政府关于将丹巴墨尔多山等16个自然保护区确定为省级自然保护区的通知”，批准鼓城山自然保护区为省级自然保护区。2002年8月16日，四川省人民政府以川府函（2002）235号“四川省人民政府关于同意四川鼓城山自然保护区更名为四川米仓山自然保护区的批复”，将四川鼓城山自然保护区更名为四川米仓山自然保护区。 四川米仓山自然保护区有维管束植物195科949属2597种，其中蕨类植物32科75属213种；裸子植物8科21属43种；被子植物155科853属2341种。植物科占全国植物科的55.24%，属占全国植物属的29.86%，种占全国植物种的9.57%。 据统计，保护区内属于《中国植物红皮书》和第一批国家重点保护名单、1997年国家林业局和农业部拟订的《中国重点野生植物名录》、1999年8月4日国务院公布的《国家重点保护野生植物名录（第一批）》的物种（不重复统计）有100余种，约占保护区维管束植物的4.62%。其中1999年8月4日国务院公布的《国家重点保护野生植物名录（第一批）》的物种有国家Ⅰ级重点保护野生植物红豆杉、南方红豆杉、银杏、独叶草4种，属国家Ⅱ级重点保护的野生植物有台湾水青冈、巴山榧、香果树等10种，保护植物占僵保护植物的5.09%。由于保护区所处位置的特殊性，这些植物生存环境稳定，生长良好。在植物资源中，特别是大面积的水青冈属植物的发现，引起了四川植物界与野生动植物保护部门的高度重视。 保护区还蕴藏有十分丰富的中药材资源，可直接利用的药用植物主要有党参、泡参、天麻、桔梗、柴胡、半夏、杜仲、黄柏、五味子、南五味子、淫羊藿等多种；可用于生产新药的药源植物有石杉、八角莲等。 保护区独特的地形地貌和优越的自然生境条件，大面积保存完好的原始森林，为野生动物提供了良好的栖息环境，孕育了丰富的野生动物资源。据统计，保护区内有鱼类6目13科51属70种占四川省鱼类种数的28.69%、两栖类2目9科18属32种占全省两栖动物种数28.83%、爬行类2目8科20属31种占全省爬行类动物种数的36.90%、鸟类17目93科173属241种占全省鸟类种数的39.19%,且我国特有鸟类较多,占全国特有种数的14.29%、哺乳类7目24科67属88种占全省哺乳类动物种数的40.37%，共有脊椎动物34目147科329属462种。 在保护区462种脊椎动物中，属于国家Ⅰ级重点保护的野生动物有豹、云豹、林麝、扭角羚、金雕等五种；属国家Ⅱ级重点保护的野生动物有大鲵、豺、红腹角雉、藏酋猴等39种；国家保护的有益或者有重要经济、科研价值的动物如毛冠鹿、豹猫等161种。猕猴、大鲵、黑熊等在保护区较为常见。保护区内分布的国家重点保护的野生动物占四川省分布的国家重点保护野生动物的29.93%。在这些国家重点保护野生动物中，扭角羚的发现，具有重要意义。 米仓山自然保护区自然景观和人文景观等旅游资源丰富。在自然景观旅游资源中尤以地景，即地质景观、山景、洞景、峡景、崖景等最突出。区内刘家岩到关口垭的岩浆岩与古生代地层的分界线，界线清晰，是研究米仓山地质演变的重要标志。矗立在保护区东北部的东、西鼓城山，有如两个巨鼓，形象迫真，规模巨大，在国内外岩溶山地中也实属罕见，是保护区标志性景观。此外，景物各异的洞景，色彩随季节变化的崖景，风光秀丽的峡景等，以及河景、瀑布景观、生物景观等自然资源多姿多彩；而古遗址、古驿道以及独具风貌的民居等丰富多样的人文景观，既有生态、观光、休闲旅游的功能，又有科学考察和科学普及教育功能。景观的观赏价值较高，适宜于开展多种生态旅游。 建立国家级自然保护区的综合价值：1、 重要的科学研究价值 第一、保护区属于我国南北自然分界线秦巴山地的一部分，在地质历史演变过程中经历了多次造山运动，陡岩、峡谷和溶洞十分发育，并形成以东、西鼓城山为代表的石灰岩柱状峰丛，国内外十分罕见，对研究我国南北过渡地带地质历史和气候的演变具有重要的科学价值。 第二、保护区所在地是国家重点保护植物和经济树种台湾水青冈以及水青冈、亮叶水青冈和米心水青冈的起源中心和现代分布中心，对研究水青冈属植物的起源以及研究我国大陆与台湾植物区系和起源关系具有重要的科学研究价值。 2、 特殊的生态保护价值 第一、保护区位于我国东西、南北生物区系的交汇地带，国家级自然保护区的建立，使大巴山、神农架、岷山、横断山以及秦岭山地有机的连成一片，形成一道天然的生物走廊带，有利于我国东西和南北过渡地带生物多样性的保护。第二、保护区地处长江重要支流嘉陵江上游，该地区目前水土流失情况严重，是三峡库区主要泥沙来源地。国家级自然保护区建立后，有利于加强该地区天然林的保护，改善嘉陵江流域生态环境，维护三峡库区和长江中下游地区的生态安全。 3、 显著的社会经济价值 第一、米仓山地区系川陕革命老区，近代历史上曾经为中国革命作出过重要贡献，目前该地区还处于十分贫困状况。国家级自然保护区建立后，通过科学规划调整产业结构，在保护的前提下，合理开发利用保护区的景观和生物资源，促进革命老区经济发展，带动当地群众走上富裕的道路。 第二、国家级自然保护区的建立，能够提高该地区的知名度，有利于加强国际合作，也有利于对外展示保护区的科研成果，使保护区成为科技示范基地以及青少年科普教育和爱国主义教育基地。 米仓山自然保护区潜在的巨大价值早已引起各级党委、政府及有关部门的高度重视，许多领导、专家、学者多次深入实地考察，研究和指导工作。1986年，全国政协党委黄翔率队考察后，欣然命笔“仙境”；1994年，时任广元市人民政府市长王金祥率市级有关部门和旺苍县委、政府的主要领导20余人亲临林区考察，提出了具体的建设意见和工作要求；2002年10月9日，成立了旺苍县米仓山自然保护区管理局，系全民所有制正科级事业单位，下设办公室、财务股、经营管理股和科教股，已建立鼓城、檬子、烂坝子、大峡、马家坪五个保护站，理顺了管理体制，聘用保护管理人员23人；组织和开展基础性和常规性的资源调查和生态监测工作；加大了宣传力度，加强了对各种资源的保护和管理；大力实施退耕还林还草工程，加快了荒山造林绿化步伐。保护区的建设得到了当地党委、政府及居民的拥护和大力支持。旺苍县委、政府历来十分重视米仓山自然保护区的建设，将其列为全县经济建设的大事，2001年修筑鼓城乡至保护区公路5公里，完善了鼓城，檬子两乡的通讯、电力设施，2003年扩建旺苍县至米仓山自然保护区公路60公里，有力的推动了米仓山自然保护区的发展。2002年6月，中国科学院有关专家进行综合考察后认为，米仓山自然保护区具有申报国家级自然保护区的有利条件。按照广元市人民政府建设嘉陵江上游生态屏障的要求，根据米仓山自然保护区所处的特殊地理位置及巨大作用，决定申报米仓山国家级自然保护区。
