鲁土司衙门由衙门、花园、妙因寺三部分组成。衙门是土司办理公务及其眷属居住的处所，座北朝南，一进数院，占地13500多平方米。有建筑物226间，建筑面积5397平方米，有浓厚的民族风格。中轴线上主体建筑物有大照壁、牌坊、六扇门、仪门、大堂、燕喜堂和祖先堂。在各院两旁配有排列整齐的廊房、厢房和配楼。东侧有两堂，书房及内宅，西侧有大仓院及大马号。 大堂为鲁土司发布政令、举行重大典礼、公开审理案件的地方，檐下悬挂着“报国家声”巨大横匾，堂内设有木制台樨。大堂建筑高大壮观，不仅占据了最主要的建筑空间，而且在布局和建筑结构上调动种种手段，来烘托它的庄严肃穆气氛，集中体现了土司在该地区的中心地位和至高无上的封建权威。 祖先堂为明洪武年间明正朝，一世土司脱欢之妻所建，原名效忠堂，后来堂内专门供奉历代土司的画像。祖先堂为七楹、两层的歇山顶建筑，至今依然保持着明代典型的二段式建筑结构，其内外两圈三十六根八角拉网形成“金箱斗底槽”的平面布局，为明初原物，这在我国西北古建筑中极为罕见。 紧靠衙门东北是占地面积约一万平方米的鲁土司花园，园内建筑物有“千眼观花”门窗的绿照亭和把酒临风的八卦亭等，还有可供出入和攀登的高大山字石，绿照亭前竖置大小流星石两块。园内有明代种植的参天古树以及各种应时的果树，还有花畦和盆景等。 衙门西邻的妙因寺，是鲁土司所建立的，在甘青边境影响最大、塑像最多、壁画最精的一处喇嘛寺院。其建筑高低参差，错落有致，左右辉映，自成格局。各种雕刻非常细致，壁画构图生动自然，有些殿脊上设置镀金铜瓶，为附近地区所稀有。 主体建筑有德尔经堂、大经堂、禅僧经堂、万岁殿、塔尔殿、古隆宫殿、金刚殿和鹰王殿。妙因寺在甘肃地区喇嘛教中颇具影响，五世班禅、六世达赖、七世达赖曾到寺做过佛事。解放后，班禅额尔德尼·却吉坚赞、嘉木样·洛桑久美、图丹却吉尼玛、贡唐仓·丹贝旺旭等著名宗教界人士都曾来寺参观。
