安徽医科大学前身是上海东南医学院，创办于1926年5月，1949年底响应中共中央华东局 面向农村，走向内地 的号召，内迁安徽省怀远县，成为安徽省第一所高等医科院校。1952 年迁至省会合肥市现址，改名为安徽医学院。1996年6月经国家教委批准，更名为安徽医科大学。学校占地约86万平方米（1296 亩），建筑总面积约70余万平方米。
建校以来，共为社会培养医学人才35095人，其中本科生17205人，专科生6432人，硕士生934人，博士生52人，各类成人教育学生10472人。
学校现有基础医学院、公共卫生学院、口腔医学院（安徽省口腔医院）、卫生管理学院、护理学院、药学院、研究生学院、成人教育学院（继续教育学院）、临床医学院、第一临床学院（第一附属医院）、省立临床学院（附属省立医院）、第二临床学院（第二附属医院，在建）、第三临床学院（附属合肥市第一人民医院）、人文社会科学学院、公共课程部、医学检验系、医学影像系、麻醉学系、医学心理学系、医学美容系共20个直属教学机构。有91个教研室，19个教学实验室。
学校拥有第一附属医院、附属省立医院、附属合肥市第一人民医院、附属口腔医院、第四临床学院（合肥市第二人民医院）、第五临床学院（六安市人民医院）、杭州临床学院（杭州市第三人民医院）、解放军临床学院（解放军105医院）、精神卫生临床学院（合肥市第四人民医院）等30余家临床教学实习医院；拥有合肥市疾病控制中心等预防医学、卫生管理及其他专业实践教学基地40余家；分布于本省各市及北京、上海、江苏、山东、浙江、广东等省市。
