指林寺原有一坊、一殿、一阁、二庑、二塔,现存正殿、二庑及碑坊。主体建筑有元代建筑风格,殿内还可以看到素描壁画二幅,绘有释迦牟尼佛及孔雀明王图,另有明景泰三年重修碑记,讲述建寺的历史。是云南迄今保存的最古老的大型结构建筑之一,1987年公布为云南省文物保护单位。