灵济殿原名仙史宫，创建于清康熙五十七年，主神总制安宁王、伍府恩主公，系由澎湖望安仙史宫分灵而来。日治时期开辟运河，港仔尾社的慈济宫遭拆除；囝仔宫社的北极殿，也因开辟马路，遭到拆除的命运。慈济宫的保生大帝、北极殿的玄天上帝，不得已皆移祀仙史宫，庙方才取伍府恩主公的「灵」、慈济宫的「济」、北极殿的「殿」，将庙名改称为「灵济殿」，且以伍府恩主公为主祀神。
