1951年东吴大学旅台同学会推动在台湾重建东吴大学，但因为法令限制，便先在台北市汉口街借屋设立的东吴补习学校，暂以台北市汉口街为校址，当时设法政、商业会计及英文3科，另设比较法律1科，限大学肄业两年者报考。1954年7月因办校成效显著，台湾当局“教育部”核准成立为东吴大学法学院，设法律、政治、经济、会计4系并附设外文系，成为台湾第一所私立大学校院。1958年3月迁入位于台北近郊的外双溪之新校址。1969年奉准恢复完全大学建制，随后逐步增设各学系与学院，现已成为包括文学、理学、法学、商学、外语学院等5个学院22个系之综合大学。目前东吴大学除外双溪校区之外，尚在台北市贵阳街设有城中校区。经过几十年的耕耘，如今东吴大学已成为台湾著名的综合性大学，其法律系更是闻名遐迩，被认为是台湾最好的法学院之一。有趣的是，东吴大学的英文名称就叫“Soochow University”（苏州大学），它与大陆江苏苏州大学也常有交流。
