民国80年成立高雄海专澎湖分部，设水产养殖科，航运管理科。民国82年增设观光科，教学行政大楼正式启用。民国83年增设资讯管理科、电讯工程科。民国84年正式独立设校为国立澎湖海事管理专科学校。民国87年增设资讯工程科，实验大楼完工启用。民国88年观光科废止，设立休闲事业管理科、餐旅管理科、应用外语科。民国89年改制为国立澎湖技术学院，图书资讯大楼完工使用。民国91年增设观光学系、运输与物流管理学系、电子工程学系及食品科学系，电讯工程科改制为电信工程学系，资讯工程科改制为资讯工程学系。民国93年增设海洋运动与管理学系，体育管暨学生活动中心完工启用。民国94年改名为国立澎湖科技大学，电子工程学系改名电机工程学系、增设服务业经营管理研究所。民国95年观光学系与休闲事业管理学系合并为观光休闲学系，海洋运动与管理学系改名为海洋运动与游憩学系，增设海洋创意研究所。民国96年教学大楼落成启用；增设观光休闲事业管理研究所、食品科学研究所（九十七年度招生）、电资研究所（九十七年度招生）。
