扎如寺内最高大的建筑是主殿，它分为三层，一层是公开举行宗教活动、喇嘛念经、信徒拜佛礼佛的场所；二层是修炼密宗之所；三层藏有大量的佛经、佛像及唐卡等。在主殿外有一圈围廊，围廊上面安置着许多转经筒。四面八方的信徒来到此处后都会沿着主殿外的围廊用左手拨动转经筒逆时针转上一圈又一圈，口中还念着八字真言。主殿的内门正对着的法座上方，垂挂着一幅巨型的贴花唐卡画，其线条圆润流畅，色彩明快，造型生动典雅，展示着苯波教与藏传佛教的在共同生存发展中的相互融合。
