瞿昙寺殿是瞿昙寺主体建筑之一。建于明洪武二十五年(1392年),俗称"前殿"。是一座重檐歇山式建筑,内檐门额上悬有敕赐金书"瞿昙寺"三字的横匾一方,下款有"大明洪武二十六年立"字样。瞿昙寺殿虽经补修,但完好地保留了原来的建筑风格和规模。殿内塑有三大古佛,8尊菩萨像,还有清光绪十二年(1886年)施的铜灯一盏,殿门外有明永乐年间(1403—1424)施的乌金大煨炉一个。有"独尊"匾一块,书法浑厚庄重,遒劲有力。殿内两侧和内夹墙墙壁上绘满各式精美的壁画,是明代壁画精品。