位于书院巷20号，1982年年被列为苏州市文物保护单位，现由卫生学校保护管理。
巡抚衙门又名巡抚都御史台，别称抚台衙门。明代开始，专设巡抚为地方最高长官， 清代正式以巡抚为省级地方政府长官，总揽一省军事、吏治、刑狱等。明宣德五年（1430年）置应天巡抚，驻苏州府，管辖南直隶江南诸府及江北安庆一府。清康熙六年（1667年）建立江苏省，乾隆二十五年（1760年）设立江苏巡抚，专辖苏州、松江、常州、镇江四府和太仓直隶州，仍驻苏州府。辛亥革命后废。
巡抚衙门旧址原为鹤山书院所在地，明代永乐年间改为衙署。自明宣德设巡抚到清末，480 余年间曾有不少名臣治事其中，诸如周忱、海瑞、汤斌、梁章钜、张伯行、林则徐等。林则徐在任前后达五年之久，政绩卓著，深受人民爱戴。末任巡抚程德全受革命力量推动，在此宣布江苏独立，脱离清廷，对促使清政府瓦解也起了一定作用。
