说起南京老城门，民间有句顺口溜：“内十三，外十八，一个门栓朝外插。”这个被人形容为“门栓朝外插”的城门指的就是神策门。神策门规模较小，城门在里，瓮城在外，瓮城门也不正对着城门，而是开在瓮城的东北角。顺口溜形象地概括了它特殊的建筑形式。如今的神策门是南京保存较完整的城门，瓮城、劵门及三开间的歇山顶城楼仍在。
相传，神策门由朱元璋的军师刘伯温亲自勘察筹划建造，出入城门要经左右门洞，平日只开一门，“急时酌开一洞”，它充分体现了朱元璋因地制宜，在不同地段、不同环境条件下采取不同方法的筑城思想。
神策门虽然地处荒僻，但它突兀于玄武湖边，北边紧临幕府山（旧称白土山）和长江，在军事防守上地位相当重要。
南明永历十三年（清顺治十六年，公元1659年），南明大将郑成功为创立反清复明的大业，受命率军在东南沿海地区打击清军，进攻清政府的东南重镇——南京。郑成功的十万大军在南京城外白土山（今幕府山）连营83座，切断了水陆交通，使仅有万余名清军驻守的南京成为一座孤城。
郑成功的军队与清军在神策门外的两次接战，使清军损失千余人。清朝两江总督郎廷佐下令将神策门城门紧闭，不要出战。他一面四处求援，一面想用诈降的办法来拖延时间。郑成功在捷报频传的胜利中不免骄傲轻敌，答应了清军使臣宽限一个月的要求，按兵不动，坐等清军开门献城。
