南京中医药大学始建于1954年10月，是全国建校最早的高等中医药院校之一，曾为新中国中医药高等教育编写了第一套教材，培养了第一批师资，是新中国最早的中医药学部委员（院士）的诞生地，为新中国中医药高等教育模式的确立和推广作出了重要贡献。
南京中医药大学现为江苏省重点高等学校，世界卫生组织传统医学合作中心，卫生部全国中医师资进修教育基地、国际针灸培训中心，国家药品监督管理局临床药理基地，是国家首批确定的接受和培养留学生及台湾地区学生的中医药高校之一，具有博士生导师自审权和主要学科专业的教授评审权。同时学校还是江苏省文明单位和江苏省首批高校校风建设优秀单位。
南京中医药大学目前设有基础医学院、第一临床医学院、第二临床医学院、药学院、经贸管理学院、护理学院、外国语学院、信息技术学院、翰林学院、成人教育学院、国际教育学院（港澳台培训中心）11个教学实体，有中医学、中西医结合、针灸推拿学3个7年制学、硕士连读专业，13个本科专业、近30个专业方向，有中医学、中药学2个博士后科研流动站，15个博士点、17个硕士点（博士点覆盖中医、中药、中西医结合所有二级学科）。目前学校全日制在校学生6000余人，其中博士生、硕士生600余人，留学生近500人。
