康熙常驻跸行宫，为祈福祷告，要按时烧香，即在行宫旁敕建皇家禅寺，是水围行宫的重要组成部分。山门悬挂康熙御笔“敕赐沛恩寺”匾，门内两尊神像为哼哈二将，是佛寺的守护神；寺内钟、鼓楼各一座，以“晨钟暮鼓”。晨钟惊醒世闻名利客，暮鼓唤起苦海梦迷人；天王殿供奉的佛像为弥勒佛，两侧为四大天王，分别持剑、握琴、执伞、握龙，表达祈盼风调雨顺、五谷丰登、天下太平的愿望；侧殿分别为奶奶殿和菩萨殿，供奉四大菩萨，分表“大智、大德、大悲、大愿”；大雄宝殿（为寺中正殿、主殿）供奉的佛像为释迦牟尼（居中），左右为药师佛和阿弥陀佛，消灾延寿和接引众生，佛像两侧为十八罗汉。整个寺院建筑灰瓦铺就，雕梁画栋，结构严谨。佛像塑造庄严，神态各异，布局合理，气势雄伟，是佛教文化的瑰宝之所在。
