南澳总兵府是南澳总兵的衙署,位于深澳镇大衙口。最初建于明朝万历四年(1576年)。现在的建筑是1983年重新修建的。总兵府前现遗存有八千斤,六千斤土炮各一尊。总兵府右侧院墙上镶嵌着23块历代南澳保存的古碑,其中一块是中国最早的港务约法,一块税务碑,具有重要的历史文物价值。