别传寺为爱国高僧澹归禅师于清康熙初年创建其师天然和尚曾说法于此。寺院建筑玲珑庄严，曾住众千人，其规模之大，堪与韶关南华寺、云门寺媲美。乾隆及民国年间曾两次被焚，焚后相继重修，民国时期广东省省长李汉魂先生曾拨款重修并立有重修碑文。
十年浩劫，使别传寺损毁殆尽，只有残存于山门石壁上刻的大字“丹霞”、“至此心隐心”、“法海慈航”、“诞先登岸”、“禅林第一”、“红尘不到”、“赤城千仞”等.
1980年后，年逾古稀的本焕老和尚(现任广州光孝寺主持、广东省佛教协会常务理事)来到野草丛生的别传寺，面对一片残墙断壁，不觉潸然泪下，于是立下誓言，主持修复。经过多年努力，先后修建了大雄宝殿、天王殿、钟楼、鼓楼、禅堂、僧舍、客房等。
