医药学院是拉卜楞寺培养藏族医药人员的专门机构。 医药学院的僧人，除从事一般宗教活动外，主要学习《四部医典》和《药王月诊》、《晶珠本草》等著作。医药学院分初级、中级和高级三个学级。医药学院自成立以来，先后培养了大批的藏医、藏药人材。学院生产的“结白丸”、“九味沉香散”、“九味牛黄散”三种药已被列入国家药典，还有18种成药单方被列入西北五省（区）地方成药。目前拉卜楞寺设立了藏医研究所。
