蔡襄死后，南宋追谥其为“忠惠”。为了纪念蔡襄两知福州期间的丰功伟绩，他的六世孙、第三子蔡甸的后裔、“藤山支脉”始祖蔡伯起建“蔡忠惠公祠”后成为藤山“蔡氏宗祠”宗祠于清代和民国期间两度重修。文革期间宗祠被福州一家纺织厂占用作为织布车间。“文革”结束后，藤山蔡氏宗亲为保护宗祠到处奔走，经过不懈的努力，终于在八十年代中期收回宗祠。1988年8月仓山区人民政府公布为第一批区级文物保护单位。为了更好地保护这座宗祠，藤山蔡氏宗亲毅然决定将它捐给了福州市仓山区政府。1989～1990年间仓山区政府投入20 余万元，，将祠内住户搬迁安置，进行了第一次修复，修复了正门、前天井、围墙和前厅。1990年福州蔡襄纪念馆、仓山区博物馆正式在此挂牌。1992年11月福州市人民政府又公布为福州市第三批市级文物保护单位。1993～1994 年，又投入20余万元进行了第二次修复，修复了拜亭、祭厅、前后回廊、办公楼。1997 年进行第三次修复，修复了前回廊、前厅屏风门、大厅六扇屏风门、中回廊和祭厅屏风门，制作了蔡襄塑像、后围屏、蔡襄墨迹碑刻二十方、蔡襄业绩中堂、历代名人赞颂蔡襄的条幅十六幅、十一对楹联、两方匾额、供桌、铜鼎以及前厅展柜。2003年因为下藤旧屋区改造，有关部门将其南移了六十米左右，按原样修建，除保持原有的明代建筑风格外，还将原水泥地面全部换上旧石板和铺砖，使之更臻完美。此外，馆内还有从原址迁来按原样修建的八角亭、私家花园等，不仅保持了古建筑的历史风貌，还比原建筑更胜一筹。新馆于2004年年初建成，于2004年6月25日对外开放。2009年12月宗祠升级为第七批省级文物保护单位。纪念馆座东朝西，前后三进，主建筑面阔三间，进深四间，建筑占地753.79平方米。正面为牌楼式门墙，上嵌石额直匾，楷书“蔡忠惠公祠”，下嵌横匾“蔡氏宗祠”。正门有一对石鼓，大门油漆红色，鲜艳夺目，周以马鞍式封火墙。纪念馆内，从西向东，依次为一进祠堂厅（前厅），二进拜亭和祭厅，三进议事厅，每进都有回廊。祭厅面阔三间，进深七柱，穿斗式木构架，单檐双坡顶，石铺天井，斗底砖铺地面。该馆现在已成为仓山区、福州市重要的青少年德育教育基地。
