湄洲岛“升天古迹”遗址位于妈祖祖庙正殿右后方一块巨大石壁上。旁有一行小字，据考是当时祖庙主持僧 乘和尚所书。石壁上隐约可见千年前“仅落落数椽”的简易小庙祠的造型痕迹。据传说，林默娘（妈祖）就是在此巨石附近的“石鼓”上坐化升天的。 据《敕封天后志·湄洲庙考》记载：天后于宋雍熙四年九月九日到湄洲飞升，里人立祠祀焉。仅落落数椽，而祈祷报赛殆无虚日。后有商人三宝感戴神庥，捐金创建庙宇。宋仁宗天圣中，神光屡现，荷庇佑者鸠资广大其地，庙庑益增巍峨。明洪武七年，指挥周坐重建寝殿、香亭、钟鼓楼、山门，复塑宝像。又有张指挥建一阁于正殿左边，名朝天阁。永乐初年，诏扩大庙宇，不时致祭。宣德六年，遣官修整庙宇。康熙二十二年，总督姚起盖钟鼓楼、山门，又将东边朝天阁改为正殿。将军侯施建梳妆楼及朝天阁、佛殿、僧房，庙宇由是壮观，传有九十九间。
