座落在钟楼东南侧的涌泉寺内，建于清顺治十六年。内存自宋朝以来历代皇帝御赐的各种经书，加上本寺刻印的经书共20346册，其中有清康熙到乾隆年间御赐的经书《明朝南藏》、《明朝北藏》、《清朝梵本》、《书本藏》、《日本叙藏》 以及御笔《药师经》等几千部。这里还藏有用血书写的经书557册，为涌泉寺三宝之一。这些血经系清光绪年间，华能和尚刺臂血，由信士王谷楷书大乘般若波罗密真经全部，定慧大师刺血、克定书写佛说四十二章经等。血书数百册佛经，表达了血书人十分的虔诚和不凡的毅力。
《华严疏论纂要》一书共120卷，是清康熙七年涌泉寺住持道霈，花费十年时间在唐朝古佛学著作《华严疏钞》、《华严经论》基础上重新删节订正而成，是我国佛学的代表性著作之一，为稀世之宝。涌泉寺曾是我国一所佛学著作出版机构，至今还保存各种著作、佛像、书法的雕版共11375块，刻工谨严，一丝不苟。因此，这里的藏殿被世人称为藏佛典古版之宝窟。雕版和血经为镇寺之宝。藏经殿中的舍利塔里保存舍利珠和灵牙。
