据清乾隆十五年所绘《京城全图》，该地当时尚为一片民宅，而成书于乾隆三十九至五十年之《日下旧闻考》则有“智珠寺在嵩祝寺西”的记载，因此可推测出此寺建于乾隆十六至三十九年（1751-1774年）间。作为亚太地区古迹保护的典范，2012年，智珠寺古建筑群保护工程获得“联合国教科文组织亚太地区文化遗产保护奖”这也是北京建筑首获此殊荣。嵩祝寺为章嘉呼图克图所居，大殿及后楼之联额为清高宗之御书。寺东有法渊寺，西有智珠寺。又东为三厂遗址，三厂乃明代所设置之翻经厂、汉经厂、道经厂。西廊下有三块铜云板，上铸“番经厂”三字。寺位于马神庙东，已颓败，但仍为章嘉驻锡之所，设有办事处，主持黄教事务。2012年，管理人员无视文物保护的相关规定，将嵩祝寺及智珠寺改建为一中一西两家高档餐饮会所。
